จักรพรรดินโปเลียนที่ 1 ทรงถูกขัง และถูกอังกฤษส่งตัวไปยังเกาะเซนต์เฮเลนา ตามบัญชาการของเซอร์ฮัดสัน โลว พร้อมกับนายทหารที่ยังจงรักภักดีบางส่วน รวมถึงเคานต์ลาส กาสด้วย จักรพรรดินโปเลียนที่ 1 ใช้เวลาบนเกาะเซนต์เฮเลนา อุทิศให้กับการเขียนบันทึกความทรงจำของพระองค์ ในช่วงครึ่งหลังของเดือนเมษายน ค.ศ. 1821 พระองค์ได้ทรงเขียนพินัยกรรม และหมายเหตุพินัยกรรมหลายฉบับด้วยพระองค์เอง รวมกว่าสี่สิบหน้าด้วยกัน คำพูดสุดท้ายของพระองค์ก่อนสิ้นใจได้แก่ "ฝรั่งเศส กองทัพ แม่ทัพ โฌเซฟีน" หรือจากที่บันทึกไว้ใน "จดหมายเหตุเกาะเซนต์เฮเลนา" คือ "...ศีรษะ...กองทัพ...พระเจ้าช่วย!"

ในปีค.ศ. 1995 จดหมายเหตุของเคานต์ลุยส์ มาร์ชองด์ ข้ารับใช้ของจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 ได้ถูกตีพิมพ์ เขาได้เขียนเล่าเหตุการณ์ ช่วงไม่กี่เดือนสุดท้ายก่อนจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 จะสวรรคต และหลายคนเชื่อว่าพระองค์ถูกลอบวางยาพิษด้วยสารหนู ในปีค.ศ. 2001 ปาสคาล คินท์ แห่งสถาบันกฎหมายเมืองสทราซบูร์ได้ทำการพิสูจน์ทฤษฎีนี้ ด้วยการศึกษาหาระดับสารหนูในเส้นพระเกศา (ผม) ของจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 ภายหลังจากที่พระองค์สวรรคต ซึ่งก็พบว่ามีสารหนูอยู่เกินกว่าระดับปกติ 7 ถึง 38 เท่า การวิเคราะห์ของนิตยสาร วิทยาศาสตร์และชีวิต ได้แสดงให้เห็นว่า สามารถพบสารหนูในระดับความเข้มข้นเท่ากันจากตัวอย่างที่เก็บได้มาจากปี ค.ศ. 1805, 1814 และ 1821 ดังนั้นจึงต้องกล่าวถึง ธรรมเนียมในสมัยนั้นที่นิยมสวมวิกผมพ่นทับด้วยแป้งผง ยิ่งไปกว่านั้น เราอาจเชื่อในการวิเคราะห์ของนักวิจัยชาวสวิสที่บอกว่า จักรพรรดินโปเลียนที่ 1 สวรรคตจากโรคมะเร็งในกระเพาะ แม้ว่าจักรพรรดิจะมีพระวรกายค่อนข้างเจ้าเนื้อก่อนสวรรคต (น้ำหนัก 75.5 ก.ก. ส่วนสูง 167 ซ.ม.) นักวิจัยยังได้สำรวจกางเกงที่จักรพรรดินโปเลียนที่ 1 สวมใส่ในสมัยนั้น และสามารถระบุได้ว่าพระองค์มีน้ำหนักลดลงถึง 11 ก.ก. ภายในเวลา 5 เดือนก่อนการสวรรคต สมมติฐานดังกล่าวเคยถูกกล่าวว่าไม่น่าจะเกิดขึ้นได้เนื่องจากจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 มีพระวรกายใหญ่เกินกว่าที่จะเป็นคนป่วยด้วยโรคมะเร็ง

จักรพรรดินโปเลียนที่ 1 ได้ทรงขอให้ฝังพระศพของพระองค์ไว้ริมฝั่งแม่น้ำแซน แต่เมื่อพระองค์เสด็จสวรรคตในปีค.ศ. 1821 พระศพของพระองค์ได้ถูกปลงที่เกาะเซนต์เฮเลนา ในปีค.ศ. 1840 พระอัฐิได้ถูกนำกลับมายังประเทศฝรั่งเศสด้วยการต้อนรับอย่างสมพระเกียรติ และได้ถูกฝังไว้ที่ออแตลเดแซ็งวาลีดในกรุงปารีส โดยใส่ไว้ในโถที่ทำด้วยหินเนื้อดอก (อันเป็นของขวัญที่รัสเซียมอบให้แก่ฝรั่งเศส)